El trabajo de biorremediación consiste en poner en contacto el inoculo bacteriano con el elemento contaminante y procurar que permanezca en contacto el máximo tiempo posible.

Siendo los contaminantes y sustratos distintos en cada caso, se supone un diseño distinto para la parte mecánica de los trabajos de cada tratamiento.
Así mismo las proporciones de nutrientes, minerales y suplementos puede variar en función de la aportación de cada entorno.
No será los mismos un tratamiento sobre agua marina, que sobre agua dulce, tierra, arena, piedra o subsuelo.