El treball de bioremediació consisteix en posar en contacte l’inòcul bacterià amb l’element contaminant i procurar que romangui en contacte el màxim temps possible.

El fet que els contaminants i els substrats siguin diferents en cada cas comporta un disseny diferent de la part mecànica de les tasques a cada tractament.
Així mateix, les proporcions de nutrients, minerals i suplements poden variar en funció de l’aportació de cada entorn.
No serà el mateix un tractament sobre aigua marina que sobre aigua dolça, terra, sorra, pedra o subsòl.